http://misshie.jp/blog/ アメリカ・アイオワ研究留学後も研究生活を続ける三嶋博之の近況報告やアレやコレ ja Copyright 2011 Mon, 06 Jun 2011 00:00:00 +0900 http://www.sixapart.com/movabletype/?v=3.2-ja-2 http://blogs.law.harvard.edu/tech/rss [[NGS現場の会>http://ngs-field.org]]という会があります。民間／アカデミアを問わず，次世代シークエンサーに関する知識の共有を目指す集まりです。ワタシはGoogleで検索中に偶然見つけ，参加することにしました。 NGS現場の会は，これまで，ネット上での活動をメインにしてきたようですが，ワタシが参加してから間もなく，2011年5月28日から29日まで，熱海にて[[「第一回研究会」>http://ngs-field.org/%E7%AC%AC%EF%BC%91%E5%9B%9E%E7%A0%94%E7%A9%B6%E4%BC%9A]]が開かれることがアナウンスされました。これはおもしろそうだぞ！とは思ったのですが，熱海ってどこにあるんだろ・・と調べたところ，品川から新幹線で４０分。長崎からは飛行機＋京急＋新幹線。行けるじゃん。ボスからもＯＫをいただき，参加できることになりました。 今回の参加の最大の目標は，NGS業界の中で，自分は一体どのへんに位置するのかを見極めることでした。結論からいうと，目的は十分に達成できました。自分の興味／レベル／分野の熱さetcを，見極めるというより，体感することができたわけです。 地理的な条件もあり，またそもそもNGS関連の仕事をはじめて長くないこともあり，直にNGSに関して議論する機会というのがこれまであまりありませんでした。ただ，去年の分子生物学会（BMB2010）のバイオインフォマティクス関連のセッションに参加することで，尋常ならざる熱さを感じてはおりました。 では，感想を箇条書きで 【オーラルセッション】企業の方・アカデミアの方・ウェット・ドライ，いろいろあってよかった。最近のNGS業界全体のながれを感じるためにも，口演は必要。時間もちょうどよかったかと。 【ワールドカフェ】八谷さんをはじめとするオーガナイザーのみなさんの志の高さを感じさせられた企画。これは，次回，参加者の多くが一回経験した上でやったらかなりのクオリティになりそう。企業の方々から，率直に各社の技術の利点欠点を語っていただいたのが非常に勉強になり，また，とても健全だと思いました。反省点は，ワタシももっとばりばり模造紙に書き込めばよかったということ。正直，燃えた！ 【お食事】周りの方と熱く語ってしまいました。話しっぱなしで失礼しました。 【2次会】これも熱かったです。お酒なしで十分ハイになってました。iPadはこういう会では大活躍ですね。自分のプレゼンテーションをささっと見せられますから。 【部屋割り】5人部屋で，ワールドカフェで関心のある分野ごとにわかれていました。これはいいアイディアです。たくさんお話できて，勉強になりまくりでした。 【ポスターセッション】燃えた。超燃え。そもそも，60人の予定が105名で，全員がポスター発表ですので，密度がぎっしりです。奇数／偶数で前立ちの交代があるのをわかってなくて，あまり他の方のポスター前では議論できなかったのが残念でした（でも全部見ました）。自分のポスターの前では，多くの方に興味をもっていただいて，長い説明をさせていただきました。ごめんなさい。ちなみに，ワタシは，「Pwrakeをつかったヒト変異解析ワークフロー管理」というテーマと追加でBioRuby-UCSC-API [[https://github.com/misshie/bioruby-ucsc-api/]]についてのポスターでした。終了時にはけっこう疲労困憊してしまいました。 【収穫】高速Java製リードビューア[[GenomeJack>http://www.mss.co.jp/businessfield/bioinformatics/solution/products/genomejack/index.html]]，アライメントソフトウェア[[LAST>http://last.cbrc.jp/]]。などなど。 あとこの機会にTwitterを始めることに。ユーザー名はmishimahryk。潔く本名と顔写真を使用。かなり勉強になるし研究に有用なことを発見しました。「情報を出す人間にこそ情報が集まる」。これは，ネット上だと非常にわかりやすいことですが，実はネットに限らず，今回の研究会のような場でも同じだなと感じました。 今後，NGS現場の会を中心とした，情報の流れ，熱気，熱意，などなど，すごいことになるんじゃないかという予感と期待を強く感じさせられました。劇燃えの２日間でした。 http://misshie.jp/blog/2011/06/ngs.html http://misshie.jp/blog/2011/06/ngs.html Mon, 06 Jun 2011 00:00:00 +0900 2011/5/31付けでPLoS ONEに論文が掲載されました。PLoS ONEは言わずと知れたOpen Access Journalですので，全文PDFでダウンロードできます。 [[http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0020589]] Identification of Novel Schizophrenia Loci by Homozygosity Mapping Using DNA Microarray Analysis Naohiro Kurotaki, Shinya Tasaki, Hiroyuki Mishima, Shinji Ono, Akira Imamura, Taeko Kikuchi, Nao Nishida, Katsushi Tokunaga, Koh-ichiro Yoshiura, Hiroki Ozawa 研究にご協力いただいた患者さんとそのご家族に深く感謝申し上げます！ この論文でもRubyとR言語が活躍しております。 http://misshie.jp/blog/2011/06/plos_one.html http://misshie.jp/blog/2011/06/plos_one.html Sun, 05 Jun 2011 18:00:00 +0900 UCSCゲノムブラウザへのAPIをBioRubyのプラグインとして実装した ライブラリを開発中です。 Jan Aertsさんと，Francesco Strozziさんによる，Ruby-Ensembl-APIとRuby-UCSC-APIを基礎に して作られています。 以下の特徴があります - BioRubyのプラグイン - O/RマッパーとしてActiveRecordを使用 - クエリ高速化のためにBin Indexを使用します - 通常の「1-based閉区間」でのゲノム領域の指示方法と，内部で使われる「0-based半開区間」自動的に変換します。 - ローカルにインストールしたMySQLサーバーも使えます - ローカルにダウンロードした2bitファイルから，リファレンスの塩基配列を得られます - RSpecをテスティングにつかっています - Hg19とHg18の完全対応をめざしています ''gem install bio-ucsc-api''でインストールできます。 関連サイトは以下のとおり :GitHub|[[http://github.com/misshie/bioruby-ucsc-api]] :RubyGems|[[http://rubygems.org/gems/bio-ucsc-api]] まだまだ仮リリースですが，ご意見をいただけると，とてもうれしいです。 http://misshie.jp/blog/2011/04/bioruby_pluginucsc_api.html http://misshie.jp/blog/2011/04/bioruby_pluginucsc_api.html バイオインフォマティクス Mon, 25 Apr 2011 18:00:00 +0900 /// 分子生物学会に参加するのは，本当に久しぶりでした。合同大会ということもあり， その規模にびっくりしました。また，カバーする範囲も広く，発表のスタイルも， 生化とバイオインフォマティクスではこんなに違うんだなあとおどろきました。 また，ポスター前で，興味をもっていただいた方々をお話できて，舞い上がってしまいました。 一方的に話してどうもすみませんでした…。 とにかく，熱気あふれる（ポスター会場は物理的な熱気でしたが），いい学会でした。 ]]> http://misshie.jp/blog/2010/12/post_16.html http://misshie.jp/blog/2010/12/post_16.html Thu, 16 Dec 2010 00:00:00 +0900 CentOS 5.5/KDE/XVNCの環境でR言語/GNU Rを使っているのですが， X11のウィンドウが他のウィンドウに隠れた際などに必要な再描画をしてくれず， リサイズして強制的に表示させて対処していました。とてもうっとうしいので 解決法を探していたのですが，見つからない。そこでR 2.12.0インストールを期に もういちど解決にチャレンジしてみました。 試行錯誤の結果，どうやらX11(type="nbcairo")とすると，解決するようです。 "nbcairo"はNo Buffered CAIRO を意味します。描画速度も目に見えて速くなりました。 ホームディレクトリの~/.Rprofileに setHook(packageEvent("grDevices", "onLoad"), function(...) grDevices::X11.options(type="nbcairo")) と追加すると，X11()のデフォルトがnbcairoになります。 これが，私の環境の，どのコンポーネントのせいなのか，いまだわかりませんが，一応解決しました。 同じようなトラブルの方もいるやもしれませんので，ここに書いておきます。 http://misshie.jp/blog/2010/11/rx11.html http://misshie.jp/blog/2010/11/rx11.html バイオインフォマティクス Sun, 28 Nov 2010 16:29:34 +0900 UCSCBin 0.2.2 Ruby utility library for UCSC Bioinformatics Genome Browser ( http://genome.ucsc.edu ) including calculation of a BIN index from a genomic interval to speed-up SQL queries, and conversion between 1-based full-closed (for humans) and 0-based half-open (for machienes) intervals. * Install : gem install UCSCBin * RubyGems.org: [[https://rubygems.org/gems/UCSCBin]] * GitHub.com: [[http://github.com/misshie/UCSCBin]] というわけで UCSCゲノムブラウザーのMySQLデータベースからの検索で威力を発揮するRubyライブラリを作って RubyGems.orgで公開しました。gem一発でインストールできます。 機能は，物理位置の範囲からBINインデックスを計算すること（範囲を含む最小インデックスを返す，あるいは範囲内の情報を持つ可能性のあるインデックス全てを返すクラスメソッド）と，0-base左閉半開区間と，1-base閉区間（こっちが普通の範囲）を変換するクラスメソッドを実装してます。 普段はつかわないと思うのですが，512Mbase以上の位置のためのExtended indexは未サポートです。 http://misshie.jp/blog/2010/10/ucscbin_is_now_on_rubygemsorg_1.html http://misshie.jp/blog/2010/10/ucscbin_is_now_on_rubygemsorg_1.html 長崎研究生活 Sun, 31 Oct 2010 08:00:00 +0900 まだまだ生きてます。 さて，前エントリーのFASTA + FASTA.QUAL = FASTQはBioPerl版でしたが， [[BioRuby>http://www.bioruby.org/]] version 1.4.0で書いてみると以下のようになります。 require 'bio' ff_fasta = Bio::FlatFile.open(ARGV[0]) ff_qual = Bio::FlatFile.open(ARGV[0]+".qual") while entry_fasta = ff_fasta.next_entry seq = entry_fasta.to_biosequence seq.quality_score_type = :phred seq.quality_scores = ff_qual.next_entry.data puts seq.output(:fastq, :title => entry_fasta.definition) end # Ruby 1.8のときだけ頭に # require 'rubygems' をつけてね 以上の内容は，[[BioRubyメーリングリスト>http://lists.open-bio.org/mailman/listinfo/bioruby]] でBioRubyのコア開発者のひとりの大阪大学の後藤先生から回答いただいたものです。 （メーリングリストを購読している方はわかるかと思いますが）最初，ワタシはBio::FastaFormatや Bio::FastaNumericFormatに大きなマルチエントリーのファイルを食わせるコードを書いて みました。ところが，どうもしっくりこない（あるべきメソッドがないし，遅いし）と思っておりました。 そうしたら，案の定きちんとしたフロントエンドがあったようです。 BioPerlのBio::SeqIOに相当するものがBioRubyのBio::FlatFileになると 理解していいのかなあ（未確認）。Bio::FlatFileをつかえば，各エントリに 外部イテレーターでアクセスできる(Bio::FlatFile#next_entry.data) んですね。美しい。 ああ，細かいBioRubyのFASTQ関係のコードばかり読んで， 全体の構造を全く理解してなかった。反省。 今回の用途には，BioPerlでもBioRubyでもほぼ同じ速度です。ただ，大きな違いがあります。 それはインストールにかかる時間。BioRubyは，BioPerlにくらべコンパクト （逆にBioPerlはありとあらゆることができる…らしい）なので gem install bio 一発（要管理者権限）でさくっとインストールできます。すばらしい。 というわけで，今後もBioRubyの勉強をすすめたいと思います。勉強成果もぼちぼち書いていこう。うん。 http://misshie.jp/blog/2010/01/bioruby_fasta_fastaqual_fastq_1.html http://misshie.jp/blog/2010/01/bioruby_fasta_fastaqual_fastq_1.html 長崎研究生活 Sun, 31 Jan 2010 19:30:00 +0900 以下，次世代シークエンサー関連の自分用のメモ FASTAファイルとFASTA.QUALファイルからFASTQを生成するPerl (BioPerl)スクリプト http://www.nabble.com/How-to-input-fasta-and-qual-into--Bio::Seq::Quality--td18634349.html を参照したけど，エラーが出るので，修正。BioPerl（というかPerl）についてはシロウトなので，手こずった。 "->"がRubyでいうところのメソッド呼び出しの"."なのね。 使い方は（スクリプトをfastaqual.plとすると） perl fastaqual.pl hoge.fasta > fuga.fastq でhoge.fastaとhoge.fasta.qualからfuga.fastqを作ります。 このスクリプトはhoge.fastaとhoge.fasta.qual内のフラグメントの順番が一致していることを前提としていることに注意。 #!/usr/bin/perl -w use warnings; use strict; use Bio::SeqIO; use Bio::Seq::Quality; my ($seq_infile,$qual_infile) =(scalar @ARGV == 1) ?($ARGV[0] ,"$ARGV[0].qual") :@ARGV; #Create input objects for both a seq (fasta) and qual file my $in_seq_obj = Bio::SeqIO->new( -file => $seq_infile, -format => 'fasta', ); my $in_qual_obj = Bio::SeqIO->new( -file => $qual_infile, -format => 'qual', ); my $out_fastq_obj = Bio::SeqIO->new( -format => 'fastq' ); while (1){ ## create objects for both a seq and its associated qual my $seq_obj = $in_seq_obj->next_seq || last; my $qual_obj = $in_qual_obj->next_seq; #use seq and qual object methods feed info for new BSQ object my $bsq_obj = Bio::Seq::Quality->new( -seq => $seq_obj->seq(), -qual => $qual_obj->qual(), -id => $seq_obj->id(), ); $out_fastq_obj->write_fastq($bsq_obj); } http://misshie.jp/blog/2009/08/fasta_fastaqual_fastq.html http://misshie.jp/blog/2009/08/fasta_fastaqual_fastq.html 長崎研究生活 Tue, 11 Aug 2009 11:30:29 +0900 こっそり更新。 研究室で使っているCentOSサーバーで，OpenGL/GLXをつかったアプリケーションを VNC経由で使いたいので，試行錯誤してみました。 + [[RPM.pbone.net>http://rpm.pbone.net/index.php3/stat/4/idpl/11489014/com/vnc-debuginfo-4.1.2-14.el5.x86_64.rpm.htm]]からvnc-4.1.2-14.el5.src.rpmをダウンロード。これはRedHat社が XVNCにGLX対応パッチをあてたもの。 + sudo yum --nogpgcheck localinstall vnc-4.1.2-14.el5.src.rpm + sudo yum install xorg-x11-xtrans-devel + sudo yum install libXdmcp-devel + sudo yum install libXau-devel + sudo yum install rpm-build + sudo rpmbuild --rebuild vnc-4.1.2-14.el5.src.rpm + sudo yum --nogpgcheck install /usr/src/redhat/RPMS/x86_64/xnc-server-4.1.2-14.x86_64.rpm + ログインしなおして，glxgearコマンドが動けば成功 アーキテクチャなどは，適当に読み替えてください。 以上，チラシの裏でした。 http://misshie.jp/blog/2009/02/centos_52xvncglx.html http://misshie.jp/blog/2009/02/centos_52xvncglx.html サーバー管理 Wed, 25 Feb 2009 18:53:35 +0900 あけましておめでとうございます。 郵便事業株式会社経由年賀状は，どうにも最新の住所が把握できないことが多く， 今年は断念してしまいました。失礼をお許しください。 長崎は，アイオワとは違った寒さで，結局今年も震えています。 でも，風邪も引かずになんとかやっております。 そうそう，[[以前のエントリー>http://misshie.jp/blog/2008/06/post_12.html]]で書いた， ワタシが管理人をやっているIowan mailing listとは別に， [[アイオワ大学日本人会>http://iowajssc.blogspot.com/]]が発足したようです。すでにblogも 用意されています。今後，アイオワ在住日本人向けのポータルサイトに成長していただきたい！ と思っております。 では今年も，益々よろしくお願いいたします！！ http://misshie.jp/blog/2009/01/post_13.html http://misshie.jp/blog/2009/01/post_13.html Sat, 03 Jan 2009 11:37:43 +0900 http://regional.rubykaigi.org/kyushu01]]にて 「ゲノム解析とグルー言語Ruby」の題で発表してきました 当日のそれぞれの方の発表内容は [[USTREAM>http://www.ustream.tv/channel/kyushu-ruby-kaigi]]でみることが できます。 私の発表は以下のとおり：~ #verb(Free TV : Ustream) 「あー」とか「うー」とか多すぎて，聞きづらくてお恥ずかしい。それに，Rubyを使った成果を具体的に 示せてないのが，なんともかっこわるい。 あらためて聞くと，２００人という人数，それも，異業種のみなさんの前で， 我ながら思いっきり緊張しております。 でも，個人的には，笑い（苦笑？）がとれた時点で８０点だったりして。 背景の話と，やったことと，失敗談とで，つめこみすぎたようです。これでもだいぶ削ったのですが。 もっと，話を絞り込んで，ゆっくり話すべきでした。 BioRuby最高！という部分の強調はできたかな？ 実は，僕はBioRubyのごくごく一部の機能しかつかってないですし，コツコツ勉強中の身なのですが。 前夜のお食事会（ささださんや，角谷さんなど，有名人とお話しできて，ミーハーな私は大興奮）や，懇親会や，その後のweb上でみつけた感想などを読ませていただいて，とにかく，「後先考えず発表してよかった！」と思ってます。 参加した上での詳しい感想などは，また日をあらためて…。 ]]> http://misshie.jp/blog/2008/12/ruby01.html http://misshie.jp/blog/2008/12/ruby01.html 長崎研究生活 Thu, 18 Dec 2008 00:49:33 +0900 先日，九州Ruby会議01で発表したので，そのエントリーを書こうとしたら~ *movable typeのパスワードがわかんなくなりまんた~ とほほ，長いことさぼってる間にパソコン買い換えてたのを 忘れてた。記録もみあたらないし…。 で，Google先生にお伺いをたてたら，mt-medic.cgiってのがいいときき インストールしてみましたが，Internal Server Errorで動かず。 泣きそうになってると，データベースをSQLite化してたとことに気づき， 直接データベースをみてみることに +まず，MTのディレクトリ下dbに移動 +sqlite3 sqlite.db +.databeses +.tables +.dump mt_author +なんかそれらしきのがあるー（狂喜） というわけで，ユーザー名とパスワードをgetして，もう今日はねます。 http://misshie.jp/blog/2008/12/sqlitemovable_type.html http://misshie.jp/blog/2008/12/sqlitemovable_type.html サーバー管理 Wed, 17 Dec 2008 01:20:49 +0900 時間がかかってしまいましたが，[[BMC Bioinformaticsの論文>http://www.biomedcentral.com/1471-2105/9/S6/S10]] が，ようやくPubMedにも収載されたそうです。 [[PubMedIDは18541045>http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18541045]]です が，所属表記に長崎大のメールアドレスがベッタリはってあるではないですか。 あぁ，これで１か月もすれば，こっちのアドレスもSPAMメールのゴミ捨て場の様相を呈するんでしょうか。 Thunderbirdのベイジアンフィルターが，そこそこ賢いので，なんとかなるんですが。 ちなみに，BMC Bioinformatiocsのサイトでは，ユーザー登録しないと，メールアドレスは見られないように なっています。でもこれじゃあ，意味ないですよね。とほほ。 http://misshie.jp/blog/2008/06/linux_hpcpubmed.html http://misshie.jp/blog/2008/06/linux_hpcpubmed.html Sun, 29 Jun 2008 22:34:06 +0900 案内をやるやると言って，４ヶ月以上ほったらかしにしていたのですが……。 アメリカ・アイオワ州アイオワシティ（Iowa City），コーラルビル（Coralville）周辺7,000マイルに 住んでいる・住んでいた・なんか興味ある、という日本語ユーザーのアナタのためのメーリングリスト、 ''Iowan-ML''というのを運営しております。 さっぱり投稿しない管理人（ワタシ）のせいで、そんなに流量は多くありませんが、イザというときに 役立つんではないかと思います。ワタシも知る限りの情報を提供いたしますので、 購読希望の方は、''ｍｉｓｓｙ＜アットマーク＞ｂｅ．ｔｏ''までご連絡ください（手動登録なので 少々お時間いただきます）。 以上、Iowan-MLのご案内でした。ぴんぽんぱんぽん♪ http://misshie.jp/blog/2008/06/post_12.html http://misshie.jp/blog/2008/06/post_12.html アイオワ生活 Sun, 08 Jun 2008 20:50:00 +0900 以前のエントリーに書きました，Linux HPCクラスターの構築ですが， その方法と効果をまとめた論文がBMC Bioinformaticsにpublishされました。 >Application of the Linux cluster~ >for exhaustive window haplotype analysis~ >using the FBAT and Unphased programs~ >~ >Hiroyuki Mishima, Andrew C. Lidral, and Jun Ni~ >~ >'''BMC Bioinformatics''' 2008, 9(Suppl 6):S10~ BMC Bioinformaticsはいま流行の [[open access journal>http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%AA%E3%83%BC%E3%83%97%E3%83%B3%E3%82%A2%E3%82%AF%E3%82%BB%E3%82%B9]] なので以下より 閲覧・ダウンロードできます。~ [[http://www.biomedcentral.com/1471-2105/9/S6/S10]] 要旨は，exhaustive haplotype analysis（任意の領域のSNP座位に対して， すべてのウインドウサイズや組み合わせで行う徹底的なハプロタイプ分析）では， むちゃくちゃ計算力がいる。かといって，大規模なコンピュータをつかうのは 試行錯誤できないし，使いたい，よく知られた十分に検証済みのソフトには， 並列化されたのがない。そこで，中古パソコンでつくったRocks Cluster/GridEngine ベースの，安価なHPCクラスタ上で，非並列ソフトのFBATとUniphasedに対して， 次々変化させたパラメーターを与えてやることで， 意外といい感じに高速化できましたよ，これなら結構お手軽にできるんじゃない？ というお話。 というわけで，まずは，アイオワでの最初の論文がでました。 よかったよかった。 アイオワでの仕事に関しては，投稿準備中の論文がまだあるので （そのうちひとつは，今回のHPCクラスターを実際に応用した結果について） がんばらなくては……。 http://misshie.jp/blog/2008/06/linux_hpc_4.html http://misshie.jp/blog/2008/06/linux_hpc_4.html Fri, 06 Jun 2008 19:00:00 +0900